Продолжение истории Бена Теннисона, нашедшего в предыдущем фильме артефакт Омнитрикс, дающий его обладателю исключительные возможности. Бен теперь - обыкновенный человек, менее всего желающий снова принять обличие Суперчеловека и вступать в противостояние с кем бы то ни было. Но исчезновение близкого человека меняет жизненные планы Бена и он снова решает прибегнуть к помощи Омнитрикса. А когда он обнаруживает, что за этим исчезновением стоят силы не менее могущественные, нежели в прошлый раз, ему снова приходится вступить на тропу войны...